مرض المناعة الذاتية أو المرض ذاتي المناعة
هو المرض الناجم عن فرط نشاط الجهاز المناعي ومهاجمته لخلايا وأنسجة الجسم السليمة والقضاء عليها عن طريق الخطأ. إذ أنه في الوضع الطبيعي يهاجم جهاز المناعة الفيروسات والبكتيريا والأجسام الغريبة التي تسبب الأمراض، ويستطيع التفريق بين خلايا الجسم السليمة ومسببات الامراض، ولكن في حالة الاصابة بأمراض المناعة الذاتية، تتغير طريقة عمل الخلايا المناعية وتصبح مستهدفة خلايا الجسم السليمة أيضاً، وبالأخص فهي تستهدف عضو محدد في الجسم مثل الغدة الدرقية، أو نسيج محدد في مواقع مختلفة مثل مهاجمة الغشاء القاعدي في الرئتين والكلية أو مثلاُ مرض السكري من النوع الأول يستهدف البنكرياس.