تعتبر مقارنة الجينات الموجودة في الجينوم الكلي للكائنات الحية من التحاليل الاساسية في المعلوماتية الحيوية لمعرفة الجينات المتغايرة والجينات المتشابهة وتحديد نوع التغاير كونه استبدال او حذف او اضافة. للبرامج كذلك القدرة على تحديد الجينات المفقودة من السلالات تحت الدراسة مقارنة بالسلالة المستخدمة كمصدر اساسي للمقارنة وكذلك تحديد الجينات الغير كاملة بتسلسل الاحماض النووية وتحديد الجينات الموجودة باكثر من نسخة للجينوم الواحد والتي يعتبر التغاير فيها غير حقيقي ويتم استبعاده من التحليل. دراسة وتحديد الجينات المتغايرة يعتبر اساسي كون الجينات المتغايرة سبب في بقاء البكتريا فترة طويلة في المضيف كالانسان ومقاومة جهازه المناعي لذا تحديد الجينات المتغايرة يعني تحديد الجينات المسؤولة عن بقاء البكتريا الممرضة لفترة طويلة في المضيف. هذا البرنامج موجود في موقع جامعة اكسفورد والتي تحتوي على عدد كبير من البرامج المهمة في التحاليل الاساسية في المعلوماتية الحيوية .
