هناك الكثير من الأعراض التي ترافق نقص البكتيريا النافعة، فهي لا تقوم بالتأثير مكان تواجدها فحسب، بل يمكنها أن تؤثر على أعضاء في الجسم بعيدة عنها، ويمكن أن تتظاهر أعراض نقص البكتيريا النافعة