الميتاجينومكس يستخدم لدراسة المجتمع المايكروبي في حالة عدم امكانية عزل الاحياء المجهرية بشكل منفصل عن بعضها البعض عند نمو اكثر من كائن مجهري سويتا حيث في مثل هذه الحالة يكون ناتج التحليل الجيني لكل الاحياء المجهرية الموجودة في العينة. كما قد نحتاج الى تشخيص بعض الاحياء المجهرية الغير معروفة او عند دراسة التداخل بين الاحياء المجهرية والبيئة والتي تعتبر ذات اهمية كبيرة بالنسبة للحياة من نواحي مختلفة. حيث انها تقوم بدراسة المجتمع المايكروبي في بيئة معينة بشكل كامل ولجميع الاحياء المجهرية الموجودة في تلك البيئة .
تعتبر هذه التقنية من التقنيات المهمة في الوقت الحالي حيث اصبح من التحليلات المهمة والشائعة الاستخدام في الدراسات الحديثة والتي من خلالها يمكن دراسة تصنيف ودور او فعالية الاحياء المجهرية في مختلف الجوانب كالزراعية والبيئية او السريرية. حيث تستهدف هذه المحاظرة التعريف بالميتاجينومكس واهم تطبيقاته في مختلف الجوانب كتحديد المحنوى المايكروبي للقناة الهضمية او الكشف عن الانزيمات والمقاومة البكتيرية للمضادات الحياتية وكذلك المجتمع المايكروبي الموجود في التربة او المياه
