نظرية الأعداد تلعب دورًا حيويًا في العديد من تقنيات التشفير الحديثة، إذ أن العديد من خوارزميات التشفير مثل RSA تعتمد بشكل رئيسي على المفاهيم الأساسية في نظرية الأعداد. من خلال استخدام الأعداد الأولية ودالة أويلر ϕ(n)، يتم ضمان صعوبة فك التشفير. الأعداد الأولية تساهم في خلق المفاتيح العامة والخاصة، مما يسمح بإرسال واستقبال البيانات بأمان عبر الإنترنت. كما أن التفكيك إلى العوامل الأولية يعتبر أمرًا صعبًا للغاية بالنسبة للأعداد الكبيرة، مما يعزز الأمان في أنظمة التشفي.