رغم الفوائد، هناك جدل عالمي كبير ومخاوف تشمل:
1. مخاوف صحية:
الحساسية: الخوف من انتقال جينات تسبب الحساسية (مثل جين من الفول السوداني) إلى طعام لا يسبب الحساسية عادة (مثل الطماطم)، مما يضر بالمستهلك الذي لا يعلم.
مقاومة المضادات الحيوية: بعض تقنيات التعديل تستخدم جينات مقاومة للمضادات الحيوية، وهناك قلق نظري من انتقال هذه المقاومة للبكتيريا داخل أمعاء الإنسان.
2. مخاوف بيئية:
الأعشاب الخارقة (Superweeds): احتمالية انتقال الجينات المعدلة من المحاصيل إلى الأعشاب الضارة المجاورة، فتصبح هذه الأعشاب مقاومة للمبيدات ويصعب القضاء عليها.
التأثير على التنوع البيولوجي: قد تؤذي المحاصيل المعدلة حشرات مفيدة (مثل الفراشات والنحل) بشكل غير مقصود.
قد تتناول هذه الأطعمة أو مشتقاتها (زيوت، نشا) دون أن تعلم، لأنها تدخل في كثير من الصناعات الغذائية:
الذرة: (الأكثر شيوعاً).
فول الصويا.
القطن: (يستخدم زيته في الطهي).
الكانولا.
البابايا