ان عمليات الاستخلاص بصورة عامة تتم بإزالة الخلايا المنتجة وتعتمد الإزالة على طريقة الزراعة وعند استعمال الطرق الغاطسة يمكن إزالة الخلايا بالترشيح Filtration أو الطرد المركزي Centrifugation، أما إذا كانت الأنزيمات منتجة على مواد صلبة فعندها يفضل ان يستخلص الأنزيم بالماء الذي يفضل ان يكون حاويا على بعض الحوامض العضوية